Ο Άγιος Θεοφύλακτος έζησε στην Κωνσταντινούπολη τον 8ο αιώνα κατά τη διάρκεια της εικονομαχικής αίρεσης. Μετά το θάνατο του εικονοκλάστη αυτοκράτορα Λέοντα Δ Χαζάρ (775-780), ο αυτοκράτορας Κωνσταντίνος ΣΤ (780-797) ανέβηκε στο θρόνο. Υπήρξε επίσης μια αλλαγή πατριάρχων: ο Άγιος Πατριάρχης Παύλος (30 Αυγούστου), ανίκανος να διαχειριστεί το ποίμνιό του με εκτεταμένη εικονομαχία, εγκατέλειψε οικειοθελώς τον άμβωνα (784). Ο Άγιος Ταράσιος (25 Φεβρουαρίου), τότε ο πρώτος βασιλικός σύμβουλος, εξελέγη στη θέση του. Με την επιμονή του νέου Πατριάρχη, συγκλήθηκε η έβδομη Οικουμενική Σύνοδος (787), καταδικάζοντας την εικονομαχική αίρεση. Αυτοί είναι σχετικά ειρηνικοί χρόνοι για την Ορθοδοξία. Τα μοναστήρια άρχισαν να αναπληρώνονται ξανά με μοναχούς.
Ο Άγιος Θεοφύλακτος, ένας αφοσιωμένος μαθητής του Αγίου Ταρασίου, με την ευλογία του Πατριάρχη, μαζί με τον Άγιο Μιχαήλ (23 Μαΐου), αποσύρθηκε σε ένα μοναστήρι στην ακτή της Μαύρης Θάλασσας. Οι ζηλωτές ασκητές έλαβαν το δώρο της θαυματουργίας από τον Θεό μέσω των θεοσεβών εργασιών τους και της συγκεντρωμένης προσευχής. Σύμφωνα με τις προσευχές τους, κατά τη διάρκεια μιας σοβαρής ξηρασίας, όταν οι θεριστές στο χωράφι εξαντλήθηκαν από τη δίψα, το άδειο δοχείο άρχισε να εκπέμπει τόσο πολύ νερό που ήταν αρκετό για όλη την ημέρα.
Μετά από αρκετά χρόνια στο μοναστήρι, και οι δύο αφιερώθηκαν στην Επισκοπή από τον Πατριάρχη Ταράσιο. ο Άγιος Μιχαήλ διορίστηκε επίσκοπος της Σινάδας και ο Άγιος Θεοφύλακτος διορίστηκε επίσκοπος της Νικομήδειας.
Ως επικεφαλής της Εκκλησίας της Νικομήδειας, ο Άγιος Θεοφύλακτος φρόντιζε ακούραστα το ποίμνιο που του είχε ανατεθεί. Έκτισε ναούς, νοσοκομεία, ξενώνες, μοίραζε γενναιόδωρα ελεημοσύνη, φρόντιζε ορφανά, χήρες και αρρώστους και φρόντιζε ο ίδιος τους λεπρούς, χωρίς να περιφρονεί να πλένει τις πληγές τους.
Όταν ο εικονοκλάστης Λέων Β ο Αρμένιος (813-820) ανέλαβε τον αυτοκρατορικό θρόνο, η τρομερή αίρεση φούντωσε με ανανεωμένο σθένος.
Ο εικονοκλάστης αυτοκράτορας δεν μπορούσε να επηρεαστεί από τον διάδοχο του Αγίου Πατριάρχη Ταρασίου, τον Άγιο Νικηφόρο (806-815, που εορτάστηκε στις 2 Ιουνίου), ο οποίος, μαζί με τους επισκόπους, προσπάθησαν μάταια να πείσουν τον ηγεμόνα να μην παραβιάσει την εκκλησιαστική ειρήνη. Ο Άγιος Θεοφύλακτος, ο οποίος ήταν παρών στις διαπραγματεύσεις μεταξύ του αυτοκράτορα και του Πατριάρχη, κατήγγειλε τους αιρετικούς και προέβλεψε τον επικείμενο θάνατο του Λέοντα του Αρμένιου. Για την τολμηρή προφητεία του, ο Άγιος στάλθηκε στην εξορία στο φρούριο του Στροβίλ (στη Μικρά Ασία). Εδώ έμεινε για τριάντα χρόνια μέχρι το θάνατό του, που ακολούθησε γύρω στο 845.
Μετά την αποκατάσταση της λατρείας των εικόνων το 847, κατά τη διάρκεια της βασιλείας της αυτοκράτειρας Αγίας Θεοδώρας (842-855; + 867, 11 Φεβρουαρίου) και του γιου της Μιχαήλ, τα ιερά λείψανα του Επισκόπου Θεοφυλάκτου μεταφέρθηκαν στη Νικομήδεια.