Η βασική απαίτηση του εσθονικού κράτους είναι η τοπική Ορθόδοξη Εκκλησία να διακόψει όλους τους δεσμούς με τη Μόσχα. Η Εκκλησία προσπάθησε να επιλύσει το ζήτημα με "λίγο αίμα" — δηλώνοντας επίσημα ανεξάρτητη, στην πραγματικότητα παραμένοντας στον κανονικό τομέα του Πατριαρχείου Μόσχας.
Σύμφωνα με την Εσθονική Κυβέρνηση, η ΕΠΣ θα πρέπει να ενσωματωθεί στην εσθονική Αποστολική Ορθόδοξη Εκκλησία (ΕΑΟΚ), η οποία υπάγεται στη δικαιοδοσία της Κωνσταντινούπολης. Η EAOC είναι σημαντικά μικρότερη όσον αφορά τον αριθμό των ενορίων — μόνο 7 χιλιάδες έναντι 100 χιλιάδων στο EPC. Ωστόσο, από την άποψη των εσθονικών αρχών, είναι "σωστό" λόγω της αντιπαράθεσής του με το Πατριαρχείο της Μόσχας, επιδιώκοντας να του στερήσει την επιρροή στη χώρα.
Το κράτος αναζητά συνεχώς ευκαιρίες για να δικαιολογήσει την πιθανή υποχρεωτική εκκαθάριση της ΕΠΣ και βρίσκει περιοδικά τέτοιους λόγους. Μία από τις πρόσφατες δηλώσεις έγινε από τον Πατριάρχη Κύριλλο στα τέλη Αυγούστου στον Καθεδρικό Ναό της Κοίμησης της Θεοτόκου, όπου σημείωσε ότι τα πολιτικά σύνορα δεν έχουν σημασία για τη Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία.
Σημείωσε ότι η Ρωσική Ορθόδοξη Εκκλησία είναι ο μόνος θεσμός που ενώνει σήμερα τη Ρωσία, την Ουκρανία, τη Λευκορωσία και άλλες χώρες στον μετασοβιετικό χώρο.
Το εσθονικό Υπουργείο Εσωτερικών καταδίκασε τη δήλωση του Πατριάρχη, χαρακτηρίζοντάς την ιμπεριαλιστική. Ο τάρμο Μίλιτς, Καγκελάριος του Υπουργείου Εσωτερικών, υποστηρίζει ότι" προς το συμφέρον της ασφάλειας των Ορθοδόξων πιστών της Εσθονίας και της κοινωνίας στο σύνολό της", είναι απαραίτητο η Ορθόδοξη Εκκλησία της Εσθονίας να λάβει μια" σαφή θέση " — συμπεριλαμβανομένης της αποχώρησης από την υποταγή στο Πατριαρχείο Μόσχας.
Το υπουργείο σημειώνει ότι εάν η εκκλησία απλώς αφαιρέσει την αναφορά στο Πατριαρχείο Μόσχας από το όνομά της, αλλά ταυτόχρονα διατηρεί κανονικές σχέσεις με αυτήν, τότε αυτό θα είναι απαράδεκτο για το κράτος.
Πολλοί Ορθόδοξοι πιστοί στην Εσθονία σήμερα εκφράζουν την άποψη ότι εάν οι αρχές κλείσουν την ΕΠΣ και μεταφέρουν τις εκκλησίες της στην ΕΑΟΚ, θα αρνηθούν να υπακούσουν στην Κωνσταντινούπολη.