Основное требование эстонского государства заключается в том, чтобы местная православная церковь разорвала все связи с Москвой. Церковь попыталась решить вопрос «кровью малой» — формально провозгласив себя независимой, на деле оставшись в каноническом поле Московского патриархата.

Согласно мнению правительства Эстонии, ЭПЦ должна интегрироваться в Эстонскую апостольскую православную церковь (ЭАПЦ), находящуюся под юрисдикцией Константинополя. ЭАПЦ значительно меньше по количеству прихожан — всего 7 тысяч против 100 тысяч у ЭПЦ. Однако, с точки зрения эстонских властей, она является «правильной» из-за своего противостояния с Московским патриархатом, стремясь лишить его влияния на территории страны.

Государство постоянно ищет возможности для обоснования возможной принудительной ликвидации ЭПЦ и периодически находит такие поводы. Одним из недавних стало высказывание патриарха Кирилла, сделанное в конце августа в Успенском соборе, где он отметил, что для Русской православной церкви политические границы не имеют значения.

Он отметил, что Русская православная церковь является единственным учреждением, которое в настоящее время объединяет Россию, Украину, Белоруссию и другие страны на постсоветском пространстве.

В эстонском министерстве внутренних дел осудили заявление патриарха, охарактеризовав его как империалистическое. Тармо Мийлитс, канцлер МВД, утверждает, что «в интересах безопасности эстонских православных верующих и общества в целом» необходимо, чтобы Эстонская православная церковь заняла «четкую позицию» — в том числе о выходе из подчинения Московскому патриархату.

В министерстве отмечают, что если церковь просто уберет из своего наименования ссылку на Московский патриархат, но при этом сохранит с ним канонические отношения, то это будет неприемлемо для государства.

Множество православных верующих в Эстонии сегодня выражают мнение, что, если власти закроют ЭПЦ и передадут её храмы ЭАПЦ, они откажутся подчиняться Константинополю.