Святитель Ніфонт Новгородський народився в кінці XI століття в Києві, при хрещенні йому дали ім'я Микита. У 7 років батьки віддали отрока навчатися грамоті, він дивував всіх швидкими успіхами і постійним зверненням до неба, постійним постом і стриманістю. Після смерті батьків Микита, єдиний спадкоємець, роздав все своє майно і прийшов в Печерську обитель. Так в юності він був пострижений в ченця в Києво-Печерській Лаврі, ігуменом якої в той час був старець Тимофій. Більше відомостей про його дитинство і юність не збереглося.
У 1130 році єпископ Новгородський Іоанн пішов з кафедри на безмовність в монастир, а на Софійський престол за одностайним рішенням новгородців обрали блаженного Ніфонта. Єпископська хіротонія його відбулася в Києві.
У Новгороді в ті часи було неспокійно. За 26 років служіння Ніфонта в місті 10 разів змінилися князі, а в 1134 році городяни підняли заколот після не дуже успішного військового походу князя Всеволода. Щоб напоумити народ, митрополит Київський Михаїл II наклав церковну заборону на все місто. Тоді святитель Ніфонт направив до Києва ігумена Ісаю з чолобиттям митрополиту. Він смиренно просив дарувати прощення і благословення злочинному Новгороду. Михайло дуже поважав Ніфонта і після прохання сам прибув до Новгорода особисто напоумляти норовливий народ.
Святитель Ніфонт багато зробив для припинення міжусобиць і встановлення миру між російськими князівствами. Цьому сприяли його мудрі Послання до князів-суперників. У 1135 р.Ніфонту вдалося запобігти дуже великому кровопролитному зіткненню між Києвом, Черніговом та Новгородом. Він був дуже засмучений розладом на Русі і звістками про те, що таким станом справ вирішили скористатися половці, зібрав мужів новгородських і в їх супроводі ходив по містах, умовляв князів помиритися. Киян і чернігівців він застав вже на ратному полі в очікуванні битви. Але поява Ніфонта перед військами збентежило ворогуючих, а святитель переконав князів укласти мир.
Святитель наполягав на дотриманні церковних правил державними князями. Він був чесний і суворий. У 1136 році правити в Новгороді став чернігівський князь Святослав Олегович. Святитель Ніфонт не благословив його на шлюб з близькою родичкою. Зрештою Святослава повінчав у своїй Домовій церкві Чернігівський священик.
Новгородський єпископ відкрито виступив проти великого князя Ізяслава II, коли той в 1147 році, дізнавшись про смерть Михайла II, скликав Церковний Собор, вирішивши самостійно, без ради з Константинопольським Патріархатом, поставити нового київського митрополита – російського ченця-затворника Клима Смолятича. Це був відомий подвижник і богослов. Князь вирішив не звертатися за благословенням до Константинопольського патріарха, а присвятити Клима главою святителя Климента, Папи Римського, мощі якого були отримані в дар з Херсонеса.
Новгородці дуже любили свого пастиря, для них він був суворим і справедливим сповідником істини. Принциповість Ніфонта оцінив Патріарх Микола IV Музалон, Він послав йому похвальну грамоту, в якій порівняв святителя з першими святими отцями, які постраждали за Православ'я. Ніфонт став архієпископом. 
Святитель Ніфонт часто відвідував обитель свого духовного друга-преподобного Антонія Римлянина, який в 1131 році висвятив його на священика і призначив ігуменом над братією. У 1147 році преподобний відійшов до Господа, поховання чесного тіла угодника Божого звершив сам святитель Ніфонт. Він упокоїв Антонія в церкві Різдва Пресвятої Богородиці.
У квітні 1156 року святитель відправився зустрічати до Києва приїхав з Царгорода законного митрополита Костянтина, зупинився в Києво-Печерському монастирі – в місці свого постриження, там і преставився. Перед кончиною він побачив уві сні преподобного Феодосія, який сказав йому: «У добрий час прийшов ти до нас, брат і син мій Ніфонт, відтепер ти будеш з нами нерозлучний». В руках преподобний тримав сувій зі словами:»Се аз і діти, яже Ми дав є Бог". Святитель відійшов до Господа в суботу на Світлій седмиці. Він заповідав покласти його в Феодосієвій печері, але пізніше його святі мощі перенесли в ближні Антонієві печери.
Святитель Ніфонт описав житія кількох Києво-Печерських угодників. Історики стверджують, що він продовжив Несторову літопис з 1116 року, після Сильвестра. 
Святитель Ніфонт багато зробив для множення слави Божої – будував і прикрашав церкви Новгорода, деякі з них існують досі. 
Відомості про шанування Ніфонта як святого зустрічаються вперше в середині XV століття. А загальноцерковне прославлення його пройшло в 1549 році на другому Макаріївському Соборі. "Слово про Ніфонта Новгородського" в 1462 році написав насельник Києво-Печерської Лаври чернець Касіан.