Преподобний Стефан народився в другій половині XV століття в країні Вологодської від благочестивих батьків. Батько його служив при княжому дворі і постарався синові своєму дати, скільки можливо було тоді, краще виховання і освіту. Він готував в ньому наступника собі і доброго слугу князям своїм, але завидна і бажана для інших придворне життя було не до душі юному обранцеві Божому.
У той час славилася постницькими подвигами пустельна Лавра Діонісієва (прп. Діонісій Глушицький, † 1437; пам'ять 1/14 червня). Строгий общежітельний Статут обителі, що не дозволяв ченцям не тільки мати будь-яку власність, а й робити що-небудь без веління і благословення настоятеля, віддалене від мирських селищ положення її в глухому лісі як не можна більше відповідали бажанням Стефана, який шукав безмовності. І він, залишивши Княжий двір, рідних і друзів, пішов на Глушиці і смиренно просив настоятеля і братію прийняти його в їх монастир. Зворушений невідступними проханнями і сльозами Стефана, настоятель прийняв його спершу в число послушників, потім, бачачи його старанність і праці, постриг у чернецтво з ім'ям Стефан і доручив одному досвідченому старцеві для керівництва в духовному житті. Новий чернець цілком зрадив себе волі свого керівника і намагався наслідувати його у всьому, проводячи дні в монастирських працях, А ночі – в бдінні і молитві. Чим більше, однак, він зміцнювався в працях і зростав в духовному житті, тим більше вона здавалася йому слабкою і недосконалою, тим більше він упокорювався і охудшал себе. Після декількох років життя на Глушицях Стефан для більшого удосконалення свого в духовному житті з благословення настоятеля і старця-керівника відправився мандрувати по північних пустелях і монастирях. Йому хотілося скористатися мудрими порадами духовних старців, придивитися до їх подвигів і праць і придбати собі таким чином навик і досвідченість в духовному робленні. Мандруючи таким чином, він дійшов до Тихвіна і зупинився тут на проживання, радіючи тому, що щодня може поклонятися чудотворній іконі Божої Матері. Однак він недовго залишався тут: численні натовпи чоловіків і жінок, щодня приходили в монастир для поклоніння святій іконі, галасливі розмови, що дали монастирю вид мирського селища і торжища, порушували тишу в обителі. Тому, проживши в Тихвині кілька часу, Стефан, захоплюваний любов'ю до безмовності і самоти, повернувся в рідні вологодські межі.
Переходячи з місця на місце, з лісу в ліс, преподобний досяг пустельного озера Комельського, оточеного з усіх боків мохами і болотами. Йому сподобалося це місце, ніким не населене і віддалене від мирських селищ, і він зважився залишитися тут назавжди. Поставивши собі келію на східному березі озера при витоку річки Комели і спорудивши невелику каплицю для двох ікон, принесених їм з Тихвинского монастиря – Божої Матері і Миколи Чудотворця, він став трудитися в пості і молитві, незнаний людьми і ведений тільки Єдиному Богу. Неможливо висловити всього того, що повинен був витерпіти прп. Стефан в перші роки свого життя в пустелі, яким піддатися спокусам і які перенести праці і засмучення. Запас хліба був принесений Стефаном невеликий, і йому загрожував досконалий недолік їжі. Через більше двох років ненавмисно знайшли його два звіролова і розділили з ним свій дорожній запас. Від них він дізнався стежку, що веде до Білозерської дорозі і селах: інакше не міг він, і змушуваний крайністю, дістатися до житлових місць. Після того звіролови стали відвідувати Стефана, а від них дізналися його та інші.
Серед таких праць і спокус благодать Божа не залишала преподобного своєю втіхою і допомогою. Одного разу в літню ніч, коли прп. Стефан з великою ретельністю і сльозами молився у своїй каплиці перед іконами Божої Матері і святителя Миколая, раптово з'явилися йому в дивовижному світлі Пресвята Діва і Микола Чудотворець. Стефан, охоплений священним жахом, упав перед ними на землю і чув, як Святитель Миколай благав Пречисту Діву благословити місце проживання Стефана для обителі чернечої. На моління святителя Матір Божа повеліла відлюднику спорудити в пустелі храм в ім'я угодника Божого Миколая і самому бути начальником нової обителі. З цими словами чудові відвідувачі стали невидимі, виконавши серце Стефана невимовною радістю.
Ще перш того, в літню ніч, жарко молився він в каплиці, щоб Матір Божа благословила місце його для обителі молитов; тоді в баченні він був сповіщений, що обитель повинна влаштуватися на честь свт. Микола.
Через три роки самотнього перебування в пустелі прийшли до прп. Стефану два брата ділити праці пустельника, потім стало ще кілька з подібними бажаннями. Ревнителі пустельного життя просили старця влаштувати храм для молитви. З одним з них відправився він до Москви випросити благословення у митрополита на побудову храму і Обителі. Митрополит Данило з любов'ю прийняв старця, про якого раніше чув, помістив його в своїй келії і потім представив його великому князю Василю Івановичу. Великий князь, взагалі розташований до чернецтва, особливо поважав ченців обителей вологодських, які він майже всі відвідав особисто в 1528 році, просячи собі у Бога спадкоємця. Після багатьох духовних бесід з князем і митрополитом смиренний Пустельник Стефан висвячений був у сан священства і поставлений ігуменом нової обителі. Від митрополита разом з грамотою на влаштування храму і обителі він отримав і всю необхідну для того церковне начиння, а великий князь дав йому свою грамоту на землі і угіддя на утримання братії. Таким чином, з повним духовним і речовим розрадою преподобний повернувся в дрімучі ліси своєї пустелі до нетерпляче чекала його братії.
Прибувши на озеро, він перш за все направив свій шлях до каплиці і сам відслужив перший подячний молебень Богоматері і святителю Миколаю, за кілька років предвозвестившим йому підставу храму і обителі на тому місці. Братія з радістю вітали свого ігумена, припадаючи до ніг Стефана, просили Його благословення і благоговійно цілували принесене їм з Москви св.Євангеліє, а він всіх молитовно осяяв Животворящим хрестом і сам просив їх молитися за нього. Через кілька днів після цього приступили вони до побудови храму, який скоро і створили. У 1534 році до великої радості пустельників церква була освячена в ім'я Святителя Миколая і, хоча в малому вигляді, за кількістю небагатолюдної братії, влаштовано було все необхідне для гуртожитку.
Після освячення церкви прп. Стефан ще вісім років трудився в улаштуванні своєї юної обителі, подаючи собою у всьому приклад братії, що примножувалася з кожним роком. Як батько чадолюбний, блаженний старець, лагідний і милостивий до всіх, був суворий тільки до самого себе, виснажуючи плоть свою невпинними працями, постом і бдінням. Незважаючи на похилі літа, він здавався в своїй пустельній обителі більш послушником, ніж ігуменом, завжди перший був на монастирські праці, намагався служити кожному, всіх заспокоїти і втішити. За те і братія любили його як батька, дивилися на нього як на Ангела Божого і намагалися в усьому наслідувати його.
Досягнувши глибокої старості, преподобний за тиждень до кончини відчув знемогу сил своїх і дізнався наближення кончини. Напередодні її він одягнувся за допомогою своїх учнів в Похоронні ризи, які давно приготував для себе, потім, приведений ними до церкви, долучився Святих Таїн від руки літургісавшего ієромонаха. Потім повернувся на одр свій і тихо помер 12 червня 1542 року.
У тому ж 1542 році, коли помер прп. Стефан, обитель була розорена татарами. Коли при відновленні її стали будувати нову церкву замість спаленої грабіжниками, то поставили її вже не на колишньому місці, а над могилою преподобного, так як багато хто з благочестивих людей стали бачити над нею світло, як би горіли свічки. Тоді ж, по свіжій пам'яті, на гробниці преподобного було написано його зображення, а інший образ Його був поставлений в новозбудованому храмі. Після була написана йому і особлива служба.
Сіє в плоть свою від плоті пожне тління; а сіє в дух від духа пожне життя вічне, – вчить апостол (Гал.6:8). Життя духовне, сильно розвинулася в душі, не боїться смерті – вона дає про себе знати справами дивовижними і за труною. Вологодський купець Гавриїл, який знав прп. Стефана за його життя і благотворив обителі Його, плив водою по торгових справах своїм. Піднялася страшна буря, і хвилі загрожували поглинути човен. Гавриїл став закликати на допомогу угодників Божих і між ними блаженного Стефана. І раптово побачив у себе в човні світоліпного старця, який говорив йому: «не бійся, син смирення, Господь послав мене позбавити тебе від потоплення». "Хто ти?"- запитав Гавриїл, колишній в жаху і від бачення, і від явної смерті. "Ти багато милостині подавав в обитель Св.Миколая, що на озері Комельському, і мені, смиренному будівельнику Стефану», – відповідав з'явився і зник, а слідом за тим вщухла буря.