Ο Άγιος Στέφανος γεννήθηκε στο δεύτερο μισό του XV αιώνα στη χώρα Vologda από ευσεβείς γονείς. Ο πατέρας του υπηρέτησε στο πριγκιπικό δικαστήριο και προσπάθησε να δώσει στον γιο του, όσο το δυνατόν περισσότερο, την καλύτερη ανατροφή και εκπαίδευση. Ετοίμαζε σε αυτόν έναν διάδοχο για τον εαυτό του και έναν καλό υπηρέτη στους πρίγκιπες του, αλλά η αξιοζήλευτη και επιθυμητή δικαστική ζωή για τους άλλους δεν ήταν της αρεσκείας του νεαρού εκλεκτού του Θεού.
Εκείνη την εποχή, η έρημος Λαύρα του Διονυσίου ήταν διάσημη για τα κατορθώματά της νηστείας (Άγιος Πέτρος ο Μέγας). Διονύσιος Γκλουσίτσκι, + 1437; εορτάζεται την 1/14 Ιουνίου). Ο αυστηρός κενοβιτικός χάρτης του μοναστηριού, ο οποίος δεν επέτρεπε στους μοναχούς όχι μόνο να κατέχουν οποιαδήποτε περιουσία, αλλά και να κάνουν οτιδήποτε χωρίς την εντολή και την ευλογία του ηγούμενου, και η απομακρυσμένη του θέση σε ένα απομακρυσμένο δάσος αντιστοιχούσε στην επιθυμία του Στεφάνου, ο οποίος αναζητούσε σιωπή. Και αυτός, αφήνοντας την πριγκιπική αυλή, συγγενείς και φίλους, πήγε στην έρημο και ζήτησε ταπεινά από τον ηγούμενο και τους αδελφούς να τον δεχτούν στο μοναστήρι τους. Συγκινημένος από τις επίμονες παρακλήσεις και τα δάκρυα του Στεφάνου, ο ηγούμενος τον δέχτηκε πρώτα ως αρχάριο, μετά, βλέποντας τον ζήλο και τους κόπους του, τόνιζε έναν μοναχό με το όνομα Στέφανος και τον εμπιστεύτηκε σε έναν έμπειρο γέροντα για καθοδήγηση στην πνευματική ζωή. Ο νέος μοναχός αφιερώθηκε εξ ολοκλήρου στη θέληση του ηγέτη του και προσπάθησε να τον μιμηθεί σε όλα, περνώντας τις μέρες του σε μοναστικές εργασίες και τις νύχτες του σε επαγρύπνηση και προσευχή. Ωστόσο, όσο περισσότερο ενίσχυε τον εαυτό του στους κόπους του και μεγάλωνε στην πνευματική του ζωή, τόσο περισσότερο του φαινόταν αδύναμος και ατελής, τόσο περισσότερο ταπείνωνε τον εαυτό του και έχανε τον εαυτό του. Μετά από αρκετά χρόνια ζωής στην έρημο, ο Στέφανος, με την ευλογία του ηγούμενου και του πρεσβύτερου ηγέτη, ξεκίνησε να περιπλανηθεί στις βόρειες ερήμους και μοναστήρια για να βελτιώσει περαιτέρω την πνευματική του ζωή. Ήθελε να επωφεληθεί από τις σοφές συμβουλές των πνευματικών πρεσβυτέρων, να ρίξει μια πιο προσεκτική ματιά στα κατορθώματα και τους κόπους τους και έτσι να αποκτήσει την ικανότητα και την εμπειρία στην πνευματική εργασία. Περιπλανώμενος με αυτόν τον τρόπο, έφτασε στον Τιχβίν και εγκαταστάθηκε εδώ, χαίρεται που μπορούσε να λατρεύει τη θαυματουργή εικόνα της Μητέρας του Θεού κάθε μέρα. Ωστόσο, δεν έμεινε εδώ για πολύ: πολλά πλήθη ανδρών και γυναικών που έρχονταν καθημερινά στο μοναστήρι για να προσκυνήσουν την ιερή εικόνα, θορυβώδεις συνομιλίες που έδωσαν στο μοναστήρι την εμφάνιση ενός κοσμικού χωριού και μια γιορτή, διαταράσσουν τη σιωπή στο μοναστήρι. Ως εκ τούτου, αφού έζησε στο Tikhvin για κάποιο χρονικό διάστημα, ο Stefan, παρασυρμένος από την αγάπη του για σιωπή και μοναξιά, επέστρεψε στην πατρίδα του Vologda.
Μετακινώντας από τόπο σε τόπο, από δάσος σε δάσος, ο μοναχός έφτασε στην έρημη λίμνη Komelsky, που περιβάλλεται από όλες τις πλευρές από βρύα και βάλτους. Του άρεσε αυτό το μέρος, το οποίο ήταν ακατοίκητο και απομακρυσμένο από τα κοσμικά χωριά, και αποφάσισε να μείνει εδώ για πάντα. Έχοντας χτίσει ένα κελί στην ανατολική όχθη της λίμνης στην πηγή του ποταμού Κομέλα και έχτισε ένα μικρό παρεκκλήσι για δύο εικόνες που έφερε από τη Μονή Τιχβίν – τη μητέρα του Θεού και τον Νικόλαο τον Θαυματουργό, άρχισε να αγωνίζεται στη νηστεία και την προσευχή, άγνωστη στους ανθρώπους και καθοδηγούμενη μόνο από έναν Θεό. Είναι αδύνατο να εκφράσουμε όλα όσα έπρεπε να υπομείνει ο μοναχός. Ο Στέφανος στα πρώτα χρόνια της ζωής του στην έρημο, σε ποιους πειρασμούς να εκτεθεί και σε ποιες κακουχίες και θλίψεις να υπομείνει. Ο Στέφανος είχε φέρει μια μικρή προμήθεια ψωμιού και κινδύνευε από πλήρη έλλειψη φαγητού. Πάνω από δύο χρόνια αργότερα, δύο κυνηγοί τον βρήκαν κατά λάθος και μοιράστηκαν μαζί του τα ταξιδιωτικά τους εφόδια. Από αυτούς, έμαθε το μονοπάτι που οδηγούσε στον δρόμο Belozerskaya και τα χωριά: διαφορετικά, δεν μπορούσε, και αναγκάστηκε από ακραίες συνθήκες, να φτάσει σε κατοικημένες περιοχές. Μετά από αυτό, οι κυνηγοί άρχισαν να επισκέπτονται τον Στέφαν και άλλοι έμαθαν γι ' αυτόν από αυτούς.
Μέσα σε τέτοιους κόπους και πειρασμούς, η χάρη του Θεού δεν άφησε τον μοναχό με την παρηγοριά και τη βοήθειά του. Μια καλοκαιρινή νύχτα, όταν ο Άγιος Ιωάννης ο Βαπτιστής Ο Στέφανος προσευχήθηκε με μεγάλη θέρμη και δάκρυα στο παρεκκλήσι του μπροστά στις εικόνες της Μητέρας του Θεού και του Αγίου Νικολάου και ξαφνικά η Παναγία και ο Άγιος Νικόλαος ο Θαυματουργός του εμφανίστηκαν με υπέροχο φως. Ο Στέφανος, κατακτημένος από Ιερό τρόμο, έπεσε στο έδαφος μπροστά τους και άκουσε τον Άγιο Νικόλαο να ικετεύει την Παναγία να ευλογήσει τον τόπο διαμονής του στεφάνου για ένα μοναστικό μοναστήρι. Στην προσευχή του Αγίου, η μητέρα του Θεού διέταξε τον ερημίτη να χτίσει ένα ναό στην έρημο στο όνομα του Αγίου Νικολάου και να είναι ο ίδιος ο επικεφαλής του νέου μοναστηριού. Με αυτά τα λόγια, οι υπέροχοι επισκέπτες έγιναν αόρατοι, γεμίζοντας την καρδιά του Στέφαν με ανείπωτη χαρά.
Ακόμη και πριν από αυτό, μια καλοκαιρινή νύχτα, είχε προσευχηθεί θερμά στο παρεκκλήσι, ώστε η μητέρα του Θεού να ευλογήσει τη θέση του για το μοναστήρι των προσευχών.τότε σε ένα όραμα ενημερώθηκε ότι το μοναστήρι επρόκειτο να χτιστεί προς τιμήν του Αγίου Πέτρου. Νικολάου.
Μετά από τρία χρόνια που ζούσαν μόνοι στην έρημο, ήρθαν στον Άγιο Πέτρο. Ο Στέφαν είχε δύο αδέρφια που μοιράζονταν τις δουλειές του ερημίτη και έπειτα αρκετοί άλλοι ήρθαν με παρόμοιες επιθυμίες. Οι ζηλωτές της ζωής στην έρημο ζήτησαν από τον γέροντα να χτίσει ένα ναό για προσευχή. Με έναν από αυτούς, πήγε στη Μόσχα για να ζητήσει την ευλογία του Μητροπολίτη για την κατασκευή ναού και μοναστηριού. Ο Μητροπολίτης Δανιήλ δέχτηκε με αγάπη τον γέροντα, τον οποίο είχε ακούσει προηγουμένως, τον έβαλε στο κελί του και στη συνέχεια τον σύστησε στον Μεγάλο Δούκα Βασίλι Ιωαννόβιτς. Ο Μεγάλος Δούκας, ο οποίος ήταν γενικά διατεθειμένος στον μοναχισμό, σεβόταν ιδιαίτερα τους μοναχούς των μοναστηριών Vologda, τους οποίους επισκέφθηκε σχεδόν όλοι προσωπικά το 1528, ζητώντας από τον Θεό κληρονόμο. Μετά από πολλές πνευματικές συνομιλίες με τον πρίγκιπα και τον Μητροπολίτη, ο ταπεινός ερημίτης Στέφανος χειροτονήθηκε στην ιεροσύνη και διορίστηκε ηγούμενος της Νέας Μονής. Μαζί με την επιστολή για την κατασκευή του ναού και του μοναστηριού, έλαβε από τον Μητροπολίτη όλα τα απαραίτητα εκκλησιαστικά σκεύη και ο Μεγάλος Δούκας του έδωσε την επιστολή του για εδάφη και εδάφη για τη συντήρηση των αδελφών. Έτσι, με πλήρη πνευματική και υλική παρηγοριά, ο μοναχός επέστρεψε στα πυκνά δάση της ερήμου του στους αδελφούς που τον περίμεναν ανυπόμονα.
Φτάνοντας στη λίμνη, πρώτα απ ' όλα κατευθύνθηκε προς το παρεκκλήσι και ο ίδιος υπηρέτησε την πρώτη προσευχή ευχαριστίας στη μητέρα του Θεού και τον Άγιο Νικόλαο, ο οποίος για αρκετά χρόνια είχε προαναγγείλει την ίδρυση του ναού και του μοναστηριού σε αυτό το μέρος. Οι αδελφοί χαιρέτησαν τον ηγούμενό τους με χαρά, προσκυνώντας στα πόδια του στεφάνου, ζητώντας την ευλογία του και φιλώντας ευλαβικά το Ιερό Ευαγγέλιο που είχε φέρει από τη Μόσχα, ενώ τους επισκίασε όλους με προσευχή με τον Ζωογόνο Σταυρό και τους ζήτησε να προσευχηθούν γι ' αυτόν. Λίγες μέρες μετά, άρχισαν να χτίζουν το ναό, το οποίο σύντομα δημιούργησαν. Το 1534, για τη μεγάλη χαρά των ερημιτών, η εκκλησία αφιερώθηκε στο όνομα του Αγίου Νικολάου και, αν και σε μικρή μορφή, σύμφωνα με τον αριθμό των αραιοκατοικημένων αδελφών, όλα τα απαραίτητα για έναν κοιτώνα τακτοποιήθηκαν.
Μετά τον αγιασμό της εκκλησίας του Αγίου Πέτρου. Ο Στέφανος εργάστηκε για άλλα οκτώ χρόνια στην κατασκευή του νεαρού μοναστηριού του, δίνοντας παράδειγμα στους αδελφούς σε όλα, οι οποίοι πολλαπλασιάζονταν κάθε χρόνο. Ως παιδόφιλος πατέρας, ο μακάριος γέροντας, πράος και ελεήμων προς όλους, ήταν αυστηρός μόνο προς τον εαυτό του, εξαντλώντας τη σάρκα του με αδιάκοπους κόπους, νηστεία και αγρυπνία. Παρά τα προχωρημένα χρόνια του, έμοιαζε περισσότερο με έναν αρχάριο στο έρημο μοναστήρι του παρά με έναν ηγούμενο, ήταν πάντα ο πρώτος που εμφανίστηκε σε μοναστικές εργασίες, προσπάθησε να εξυπηρετήσει όλους, να ηρεμήσει και να παρηγορήσει όλους. Γι ' αυτό και οι αδελφοί τον αγαπούσαν ως Πατέρα, τον έβλεπαν ως άγγελο του Θεού και προσπαθούσαν να τον μιμηθούν σε όλα.
Έχοντας φτάσει σε μεγάλη ηλικία, ο μοναχός, μια εβδομάδα πριν από την ανάπαυσή του, ένιωσε την εξάντληση της δύναμής του και προέβλεψε την προσέγγιση του θανάτου. Την παραμονή του, με τη βοήθεια των μαθητών του, ντύθηκε με ταφικά άμφια που είχε ετοιμάσει για τον εαυτό του εδώ και πολύ καιρό, τότε, οδηγούμενος από αυτούς στην εκκλησία, έλαβε τα ιερά μυστήρια από το χέρι του λειτουργικού ιερομόναχου. Στη συνέχεια επέστρεψε στο κρεβάτι του και πέθανε ήσυχα στις 12 Ιουνίου 1542.
Την ίδια χρονιά, το 1542, όταν πέθανε ο Άγιος Πέτρος. Στέφαν, το μοναστήρι καταστράφηκε από τους Τατάρους. Όταν, κατά την αποκατάστασή του, άρχισαν να χτίζουν μια νέα εκκλησία αντί για εκείνη που κάηκε από ληστές, δεν την έβαλαν πλέον στην προηγούμενη θέση της, αλλά πάνω από τον τάφο του μοναχού, αφού πολλοί από τους ευσεβείς άρχισαν να βλέπουν ένα φως πάνω του, σαν να καίγονταν κεριά. Ταυτόχρονα, σύμφωνα με τη νέα μνήμη, η εικόνα του ζωγραφίστηκε στον τάφο του μοναχού και μια άλλη εικόνα του τοποθετήθηκε στη νεόκτιστη εκκλησία. Μετά από αυτό, του γράφτηκε μια ειδική υπηρεσία.
Αυτός που σπέρνει στη σάρκα του θα θερίσει διαφθορά από τη σάρκα. αλλά αυτός που σπέρνει στο πνεύμα θα θερίσει αιώνια ζωή από το πνεύμα", διδάσκει ο Απόστολος (Γαλ.6:8). Η πνευματική ζωή, η οποία έχει αναπτυχθεί έντονα στην ψυχή, δεν φοβάται τον θάνατο – γίνεται αισθητή από υπέροχες πράξεις πέρα από τον τάφο. Ο έμπορος Βόλογκντα Γαβριήλ, που γνώριζε τον Άγιο Πέτρο. Ο Στέφανος, κατά τη διάρκεια της ζωής του, και ο οποίος λάτρευε το μοναστήρι του, έπλεε με νερό για την εμπορική του επιχείρηση. Μια τρομερή καταιγίδα προέκυψε και τα κύματα απειλούσαν να καταβροχθίσουν το σκάφος. Ο Γαβριήλ άρχισε να καλεί τους αγίους του Θεού για βοήθεια, και μεταξύ αυτών ευλόγησε τον Στέφανο. Και ξαφνικά είδε έναν υπέροχο γέροντα στη βάρκα του, ο οποίος του είπε: "Μη φοβάσαι, γιος ταπεινότητας, ο Κύριος με έστειλε για να σε σώσω από πνιγμό". "Ποιος είσαι; Ρώτησε ο Γαβριήλ, τρομοκρατημένος τόσο από το όραμα όσο και από τον φαινομενικό θάνατο. "Δώσατε πολλά ελεημοσύνη στο μοναστήρι του Αγίου Νικολάου στη λίμνη Κομέλσκι και σε Μένα, τον ταπεινό οικοδόμο Στέφαν", απάντησε ο άντρας και εξαφανίστηκε και μετά η καταιγίδα υποχώρησε.